Facturation électronique : quel calendrier pour les professionnels de santé ?
Facturation électronique : les dates clés à retenir dès maintenant
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Le calendrier de mise en place de la facturation électronique est déjà fixé par l’administration :
1er septembre 2026 : obligation de réception des factures électroniques pour toutes les entreprises, y compris les professionnels de santé libéraux ;
1er septembre 2027 : obligation d’émission des factures électroniques pour les TPE et PME.
Autrement dit : dès 2026, vous devrez être capable de recevoir des factures électroniques. Et dès 2027, vous devrez aussi émettre vos propres factures dans un format électronique conforme.
Cette réforme de la facturation électronique vise à s’assurer de la conformité de la facturation des professionnels sur le territoire et à faciliter le reporting fiscal. Elle concerne 100% des entreprises assujetties à la TVA en France (Source : Ministère de l’Économie, 2024).
Certes, vos soins facturés aux patients sont exemptés de TVA (sauf les redevances de collaboration) : la facturation électronique vient simplement s'ajouter en arrière-plan au niveau de la transmission des données administratives pour la partie conformité, comptable et fiscale. Les impacts sur vos relations avec vos patients sont donc inexistants.
Votre pratique quotidienne de soin n'est pas bouleversée, mais par exemple, ce que vous dépensez dans le cadre de vos charges professionnelles (qu’elles soient déductibles ou non déductibles) rentre dans le cadre de la mise en place de la facturation électronique, alors cela vous concerne aussi !
Qu’est-ce que la facturation électronique et quels impacts a-t-elle sur votre entreprise ?
Une définition simple de la facturation électronique
La facturation électronique correspond pour les entreprises à l’émission, la transmission et la réception de factures électroniques dans un format informatique structuré (et non un simple PDF).
Concrètement, la réforme de la facturation des professionnels implique qu’une facture électronique doit :
être émise via une plateforme agréée par l’État (ancienne PDP) ;
respecter un format normé (Factur-X, UBL, CII) ;
contenir des données protégées et exploitables automatiquement.
Contrairement à une facture PDF classique, une facture électronique est directement lisible par les systèmes informatiques de l’administration fiscale.
Les objectifs et impacts de la réforme pour l’État et les entreprises
La réforme de la facturation électronique poursuit plusieurs objectifs majeurs :
Lutter contre la fraude à la TVA : en France, la fraude à la TVA est estimée entre 6 et 10 milliards d’euros par an (source : DGFIP, Le manque à gagner de TVA en France)
Simplifier la gestion comptable des entreprises : vous gagnez en moyenne 1 à 2 heures de gestion administrative par mois (analyses d'impact publiées par la Direction Générale des Finances Publiques et le portail de l'Économie et des Finances), notamment grâce à :
la réduction drastique du temps de gestion pour vos opérations comptables et la saisie chaque facture,
la facilitation de l'archivage et de la recherche (tout est centralisé au même endroit grâce aux mêmes outils pour tous les professionnels),
la suppression des tâches de tri et d'envoi.
Automatiser le reporting fiscal
Accélérer les délais de paiement de chaque facture.
Pour les professionnels de santé, cela signifie moins de saisie manuelle… mais aussi de nouvelles obligations.
Calendrier facturation électronique : quelles sont les dates à ne pas manquer ?
2026 : obligation de réception pour tous
À partir du 1er septembre 2026, toutes les entreprises devront être en capacité de recevoir des factures électroniques.
Les impacts concrets :
il vous faut choisir une plateforme agréée (anciennement appelée plateforme de dématérialisation partenaire (PDP) : bonne nouvelle, votre expert comptable peut vous y aider ;
puis il faudra la connecter avec vos outils de gestion et de comptabilité existants, ou en changer si le vôtre n’est pas compatible : là encore, chez Comptasanté, nous avons sélectionné les solutions qui nous semblent être les plus fluides pour les acteurs de la santé afin de vous éviter de chercher dans une liste de centaines de prestataires.
À retenir : même si vous êtes un cabinet libéral, cette obligation de réception vous concerne.
2027 : obligation d’émission pour les TPE et PME
À partir du 1er septembre 2027, en plus des grosses entreprises, les TPE et PME devront également émettre leurs factures de façon électronique.
En résumé : le calendrier de facturation électronique mis en place par l’État prévoit une montée en charge progressive selon la taille de l’entreprise, afin de vous permettre d’ajuster vos modes de fonctionnement sans vous presser.
Comment se préparer à la facturation électronique sans stress ?
Les étapes concrètes pour réussir votre transition
Voici nos conseils pour anticiper la transition vers la facturation électronique et émettre et recevoir en conformité :
Faire un audit de votre organisation actuelle
Comment gérez-vous vos factures fournisseurs et leur paiement ?
Quels sont vos outils comptables ?
Choisir une plateforme agréée (ancienne PDP)
Vérifier votre logiciel de facturation
Il doit être compatible avec les nouveaux formats électroniques agréés par l’État.
S’il ne l’est pas, il est temps d’en changer dès maintenant afin de vous familiariser avec le nouveau mode de fonctionnement et de minimiser les impacts de ce changement sur votre organisation quotidienne.
Bonne nouvelle : la plupart des solutions actuelles évoluent (ou devront évoluer) pour intégrer ces nouvelles contraintes de conformité.
Former vos équipes (ou vous-même !)
Chez Comptasanté, nos experts-comptables spécialisés santé accompagnent déjà des centaines de praticiens dans cette transition.
Quels impacts concrets pour les professionnels de santé libéraux ?
Quels changements prévoir dans votre gestion quotidienne ?
La facturation électronique va un peu transformer votre gestion comptable, mais en bien :
Fin des saisies manuelles répétitives
Centralisation des factures fournisseurs
Meilleure traçabilité des opérations et des paiements
De nouvelles obligations… mais aussi des avantages
Les nouvelles obligations incluent :
le respect des formats électroniques
la transmission des données de facturation fournisseurs
le e-reporting fiscal
Mais les avantages sont réels :
réduction des erreurs
accélération des paiements
meilleure visibilité sur votre trésorerie
Oui, la réforme demande un petit effort d’organisation et quelques changements… mais elle simplifie la gestion de votre activité sur le long terme.
Conclusion : anticiper le calendrier pour éviter la panique
La facturation électronique n’est pas une option : c’est une transformation structurelle de la gestion des entreprises en France. Elle vise à fluidifier les paiements et à garantir la conformité légale, fiscale et comptable de votre activité.
👉 À retenir :
2026 = réception obligatoire pour tous
2027 = émission obligatoire pour les TPE/PME
Plus vous anticipez, plus la transition sera fluide.
Et si vous voulez éviter les erreurs classiques, le plus simple reste de vous faire accompagner par un expert-comptable spécialisé santé comme Comptasanté : on a justement rédigé un guide complet à ce sujet !
Je télécharge le guide pratique
FAQ – Facturation électronique : vos questions les plus fréquentes
Quel est le calendrier de généralisation de la facturation électronique en 2026 ?
Le calendrier de mise en place de la facturation électronique prévoit une obligation de réception pour toutes les entreprises dès le 1er septembre 2026, puis une obligation d’émission progressive selon la taille de l’entreprise jusqu’en 2027.
Quelle est la nouvelle règle des factures électroniques à 30 jours à compter du 1er avril 2025 ?
La règle des 30 jours de paiement reste encadrée par le Code de commerce. La facturation électronique ne modifie pas ce délai, mais améliore le suivi et la traçabilité des paiements.
Est-il obligatoire d’avoir un logiciel de facturation ?
Oui, à la fois pour un meilleur suivi de votre trésorerie et de votre comptabilité, mais aussi pour respecter les obligations de conformité de facturation électronique, vous devrez utiliser un logiciel ou une plateforme compatible avec les exigences de l’administration fiscale.
Comment va se passer la facturation électronique ?
Concrètement, chaque facture électronique passera par une plateforme agréée (ancienne PDP, Plateformes de Dématérialisation Partenaires). Les factures seront transmises automatiquement à votre fournisseur ou client et à l’administration fiscale. Cela garantira leur conformité.
Qui est concerné par la facturation électronique ?
Toutes les entreprises assujetties à la TVA en France sont concernées, y compris les professionnels de santé libéraux.
Qu’est ce que ça change pour mes patients ?
Le système SESAM-Vitale est déjà un mode de dématérialisation, la réforme ne vient donc pas remplacer la télétransmission, et les actes facturés via les systèmes de télétransmission santé ne changent pas dans leur logique.
