Facturation électronique : le guide complet pour passer à la dématérialisation
Entre les soins, les patients, les tournées, les appels urgents et la gestion quotidienne, vous avez déjà beaucoup à gérer. Alors quand on vous parle de facturation électronique, de dématérialisation, de plateformes obligatoires ou de nouvelles normes… il est naturel que cela déclenche une certaine inquiétude. La même inquiétude que connaissent toutes les entreprises et autres acteurs économiques. « Cette facture électronique est-elle obligatoire pour toutes les entreprises, tous les professionnels ? » « Les opérations relatives à cette facturation électronique (émission, paiement, ….) auront-elles des impacts sur le temps à passer quotidiennement sur ma comptabilité ? », …
Rassurez-vous : vous n’êtes pas seul, et surtout, ce passage au numérique peut devenir un véritable avantage… Comptasanté vous explique tout sur cette réforme.
La facturation électronique s’inscrit dans une volonté globale de modernisation et de simplification des échanges entre les professionnels (entreprise, professionnel indépendant, …) et l’administration, fiscale notamment. Sur le papier, l’objectif est clair : moins de papier, plus de fluidité, plus de traçabilité pour tous : entreprise, administration fiscale et client.
Dans la réalité, pour les professionnels de santé libéraux, cela peut ressembler à une nouvelle obligation administrative qui s’ajoute à une charge déjà lourde.
Chez Comptasanté, nous rencontrons chaque jour des infirmiers, kinésithérapeutes, orthophonistes ou ostéopathes qui partagent la même crainte : “Je veux bien faire, mais je ne sais pas par où commencer.”
Notre rôle est justement de transformer cette contrainte en opportunité, en vous guidant pas à pas, sans jargon, et sans stress.
Pourquoi la facturation électronique concerne directement les professionnels de santé libéraux ?
La réforme concerne chaque entreprise et plus généralement chaque professionnel de France, dès lors qu’il est redevable de la TVA. Un des objectifs de cette réforme consiste à lutter contre la fraude à la TVA.
Les professionnels de santé, exonérés de TVA, devront néanmoins être en mesure de recevoir des factures électroniques et sont donc concernés par la réforme. .
La facturation électronique consiste à émettre, transmettre et archiver vos factures sous format numérique, via des outils conformes aux exigences légales.
Pour les professionnels de santé, elle vient compléter — et non remplacer — des pratiques déjà existantes comme la télétransmission SESAM-Vitale.
Ses objectifs sont simples :
Sécuriser les échanges,
Réduire les erreurs de saisie,
Faciliter les contrôles,
Améliorer le suivi des paiements et des opérations,
Alléger la gestion administrative.
Autrement dit, bien utilisé, ce nouveau processus vous facilite le quotidien et la gestion.
Les factures électroniques : quels changements concrètement au quotidien ?
Passer à la facturation électronique, c’est :
Moins de papier à classer (l’archivage bénéficie de la dématérialisation),
Moins de factures perdues (les transactions et opérations sont sécurisées notamment dans leur transmission),
Une meilleure visibilité sur vos recettes avec une optimisation du reporting,
Un archivage sécurisé et conforme,
Un gain de temps précieux.
Un peu comme un dossier patient informatisé : au début, il peut impressionner, mais une fois en place, il devient indispensable.
Au-delà des informations obligatoires à inscrire sur ces factures électroniques, ces dernières doivent pouvoir être lisibles et compréhensibles par le client mais aussi par les algorithmes (système informatisé) notamment pour le reporting. Aussi, elles doivent être établies dans un des 3 formats reconnus :
Format Factur – X : format mixte combinant un PDF visuel et un fichier de données XML,
Format UBL (Universal Business Language) ;
Format CII (Cross Industry Invoice).
Quels outils utiliser pour une facturation électronique conforme ?
Pour être conforme aux exigences de l’administration, la facturation électronique implique l’utilisation de :
Un logiciel de facturation adapté à votre profession,
Un outil conforme aux normes fiscales et sociales,
Une solution capable de dialoguer avec votre comptabilité. Il vous faut alors choisir une plateforme agréée (PDP). Cette plateforme agréée doit être choisie dans la liste établie par l’administration fiscale. Les plateformes agréées, anciennement plateformes de dématérialisation partenaires (PDP) représentent donc un intermédiaire entre le logiciel et les tiers impliqués (client, partenaire, …).
C’est là que l’accompagnement fait toute la différence. Un bon outil mal paramétré peut devenir source d’erreurs alors qu’un outil bien intégré et correctement paramétré devient un véritable allié.
Chez Comptasanté, nous privilégions des solutions :
Simples à utiliser,
Compatibles avec votre activité de soins,
Connectées directement à votre comptabilité,
Sécurisées et conformes aux obligations en vigueur.
Facturation électronique et comptabilité : pourquoi tout doit être connecté ?
La vraie valeur de la dématérialisation apparaît lorsque facturation et comptabilité communiquent automatiquement.
Plus besoin de ressaisir vos données, de recroiser vos chiffres ou de douter de leur fiabilité. Le reporting devient automatisé et le résultat est immédiatement visible :
Une vision claire de votre activité,
Des déclarations plus justes,
Moins de risques d’erreur,
Et surtout, moins de charge mentale.
Passer à la facturation électronique : les étapes simples à suivre
Voici une feuille de route rassurante et accessible :
Faire le point sur vos pratiques actuelles : papier, télétransmission, logiciel existant.
Choisir un outil adapté à votre métier de santé, pas un logiciel générique.
Mettre en place une solution conforme, connectée à votre comptabilité.
Automatiser autant que possible la transmission des données.
Être accompagné pour les paramétrages et les premières factures.
Vérifier régulièrement vos flux, sans y passer des heures.
Un peu comme un protocole de soins bien défini : une fois en place, tout devient plus fluide.
Avec Comptasanté, la facturation électronique devient une véritable opportunité
La facturation électronique ne représente pas seulement une nouvelle obligation administrative. Bien pensée, elle devient un outil de confort, de sécurité et de sérénité pour les professionnels de santé libéraux.
Chez Comptasanté, nous vous accompagnons comme un véritable co-pilote, en tenant compte de votre réalité de terrain, de votre temps limité et de vos priorités : vos patients.
Vous soignez, nous simplifions le reste. Et ensemble, nous transformons la complexité administrative en un parcours clair et maîtrisé.
A partir de quand suis-je contraint d’appliquer la facturation électronique ?
Même exonérés de TVA, vous devez pouvoir recevoir des factures électroniques dès le 1er septembre 2026, date de mise en application de la réforme pour les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire (ETI). L’obligation sera étendue à toutes les entreprises (TPE / PME, micro-entreprise) au 1er septembre 2027. Cette réception des factures électroniques constitue bien une obligation à laquelle vous serez soumis.
Dois-je émettre des factures électroniques puisque je suis exonéré de TVA ?
Les professionnels de santé, exonérés de TVA, devront pouvoir recevoir les factures électroniques à partir de septembre 2026. Si vous êtes en franchise en base ou redevables de la TVA, vous devrez pouvoir émettre et recevoir les factures électroniques selon le calendrier prévu.
Quels sont les éléments obligatoires pour les factures électroniques ?
Les factures électroniques devront :
Respecter un format donné,
Contenir toutes les informations obligatoires (numéro SIREN, date d’émission, ….)
Être transmise au client / patient par le biais d’une plateforme agréée, véritable lien avec l’administration fiscale.
Une facture au format PDF envoyée par mail ne peut être intégré à cette obligation des factures électroniques.
Quelles sont les données transmises à l’administration ?
Ce sont les données et les informations contenues sur les factures électroniques, qui sont transmises à l’administration fiscale. Cette gestion des flux de données s’effectue par la plateforme agréée, que vous avez choisie. Ce reporting automatique sera complété par l’obligation de transmission de toutes les autres données de transaction et des données de paiement et d’encaissement.
