L'essentiel
E-invoicing, e-reporting : ce qui vous concerne vraiment
E-invoicing : les factures entre professionnels passent par une plateforme agréée. Depuis le 1er septembre 2026, vous devez pouvoir les recevoir.
E-reporting : on transmet à l'administration les données des ventes sans facture entre professionnels (aux particuliers, à l'étranger).
Vos soins exonérés de TVA ne sont concernés ni par l'un ni par l'autre. La télétransmission SESAM-Vitale reste la règle et aucune donnée de santé n'est transmise.
Seules vos activités annexes soumises à TVA peuvent entrer dans le champ.
Vous avez peut-être déjà entendu parler de la réforme de la facturation électronique, mais entre e-invoicing et e-reporting, difficile de s’y retrouver. Pourtant, ces deux obligations, qui entrent en vigueur dès septembre 2026, concernent directement votre cabinet libéral de santé. Pas de panique : Comptasanté vous explique tout, simplement et sans jargon, pour que vous puissiez vous concentrer sur l’essentiel – vos patients.
Pourquoi cette réforme vous concerne-t-elle ?
En tant que professionnel de santé libéral, vous êtes certes exonéré de TVA, mais cela ne vous dispense pas de certaines obligations. La Facturation électronique s’imposera désormais comme une des obligations imposées à chaque entrepreneur et à chaque entreprise, selon le calendrier de mise en application.
La réforme de la facturation électronique en France s’inscrit dans le processus de dématérialisation, souhaité par les autorités publiques. Après l’envoi de facture à l’administration via le portail officiel, Chorus Pro, cette dématérialisation concernera, dans quelques jours, chaque entreprise, chaque entrepreneur dès lors qu’il doit émettre ou recevoir une facture.
A partir du 1er septembre 2026, toutes les entreprises devront donc :
Émettre et recevoir les factures au format électronique (e-invoicing),
Transmettre les données de transaction et de paiement à l’administration fiscale (e-reporting).
Pour vous, cabinets médicaux et / ou paramédicaux, il vous faudra donc, à compter de cette date, être en mesure de recevoir des factures électroniques via une plateforme agréée. Le processus impose également de transmettre certaines informations à l’administration fiscale pour les factures émises à des particuliers (vos patients).
Pourquoi une telle réforme ?
Les autorités fiscales entendent, avec cette nouvelle étape sur la voie de la dématérialisation :
Moderniser les échanges, en sécurisant la transmission d’informations (factures) et en accélérant ces échanges,
Réduire la fraude, en pouvant accéder à toutes les opérations liant un entrepreneur, une entreprise à un client
Simplifier la gestion administrative de chaque entreprise.
E-invoicing et E-reporting : clarifions les termes
Si les termes de facturation, de paiement, de dématérialisation sont connus de tous, ceux d’E-invoicing et d’E-reporting peuvent prêter à confusion.
E-invoicing : Il s’agit de l’émission et de la réception de factures électroniques entre professionnels (B2B). Par exemple, si vous achetez du matériel médical à un fournisseur, la facture devra transiter par une plateforme agréée. Les professionnels de santé, bien qu’exonérés de TVA, doivent également pouvoir recevoir ces factures électroniques dès septembre 2026
E-reporting : Cette obligation concerne la transmission de données (vos soins ne sont pas concernés) à l’administration fiscale pour les transactions qui ne relèvent pas de l’e-invoicing, notamment les factures émises à vos patients, des particuliers (B2C). Concrètement, vous devrez déclarer certaines informations (montant en euros, date, type de prestation) via votre plateforme agréée, même si vous n’êtes pas redevable de la TVA.
En résumé :
Obligation | Qui est concerné ? | Quand ? | Quoi ? |
|---|---|---|---|
E-invoicing | Tous les professionnels (y compris santé) | Septembre 2026 (réception) | Réception de factures électroniques de vos fournisseurs |
E-reporting | Tous les professionnels (y compris santé) | Septembre 2026 | Transmission des données de facturation soit les données de vos ventes soumises à TVA à des particuliers (hors soins) et de leurs encaissements. |
Vos soins aux patients ne sont pas concernés par le e-reporting
Les prestations des professions médicales et paramédicales exonérées de TVA sont exclues de l'émission de factures électroniques et du e-reporting. C'est ce que précise la fiche DGFiP consacrée aux professions de santé. Vous continuez à télétransmettre vos feuilles de soins comme aujourd'hui, et le secret médical n'est pas en jeu. Le e-reporting ne vous concerne que pour des activités soumises à TVA : actes à visée esthétique non remboursés, formations, vente de produits. Votre plateforme agréée transmet alors ces données pour vous. Si vous avez une activité annexe soumise à TVA, il reste un second volet à connaître : le e-reporting des paiements.
Le e-reporting des paiements
Pour les prestations de services soumises à TVA, la TVA est due au moment où vous êtes payé, et non à la date de la facture. C'est pourquoi la réforme demande aussi de transmettre la date et le montant des encaissements : c'est le rôle du statut « Encaissée ». Si toute votre activité est exonérée, vous n'êtes pas concerné.
Un accompagnement sur-mesure pour une transition réussie
Si toutes les entreprises, et donc votre cabinet médical, sont concernées par l’application de cette évolution majeure, il vous faut l’anticiper. Cela suppose trois étapes distinctes, pour lesquelles Compta Santé vous accompagne à chaque étape.
Choisir une plateforme agréée : Dès septembre 2026, vous devrez désigner une plateforme pour recevoir vos factures et transmettre vos données. Compta Santé vous aide à identifier la solution la plus adaptée à votre activité. L’autorité fiscale tient à jour une liste des plateformes agréées.
Simplifier la transmission : Pas besoin de tout changer du jour au lendemain. Votre expert-comptable peut configurer votre logiciel de gestion pour que les données soient transmises automatiquement, sans surcharge administrative. Les informations à transmettre (montant en euros, date, …) sont clairement identifiables.
Respecter les échéances :
Depuis septembre 2026 : Obligation de recevoir des factures électroniques et de transmettre les données de vos patients (e-reporting).
Septembre 2027 : Obligation d’émettre des factures électroniques pour les TPE/PME (si vous avez des clients professionnels).
Le cycle de vie d'une facture électronique
Une facture électronique ne part plus « dans la nature » : elle change de statut à chaque étape, et vous suivez son parcours en direct. Quatre statuts sont obligatoires :
Déposée : le fournisseur a envoyé la facture sur sa plateforme, qui vérifie qu'elle est conforme.
Rejetée : la plateforme bloque la facture pour un problème technique (format, mention manquante).
Refusée : le client refuse la facture pour une raison de fond (erreur de prix, prestation non réalisée).
Encaissée : la facture est payée. Ce statut transmet les données de paiement à l'administration.
En pratique, comment vous mettre en conformité ?
Bien que cette nouvelle législation soit importante, elle n’engendre pas un bouleversement de vos services au quotidien. Il vous faut donc, avant la date fatidique :
Identifier et choisir une plateforme agréée : Compta Santé vous assiste pour choisir des solutions adaptées aux spécificités des professionnels de santé.
Vérifier la compatibilité de votre logiciel : Assurez-vous qu’il permet l’envoi et la réception de factures électroniques, ainsi que la transmission des données de e-reporting.
Formez-vous ou faites-vous accompagner : Un expert-comptable spécialisé en santé peut vous guider pas à pas, pour éviter les erreurs et gagner du temps.
Cette réforme peut sembler complexe, mais elle est aussi une opportunité de moderniser votre gestion administrative. Avec Comptasanté, transformez cette obligation en un levier de sérénité : nous simplifions le technique, pour que vous puissiez vous recentrer sur votre cœur de métier : soigner vos patients.
FAQ - E-voicing et e-reporting : vos questions
Où puis-je retrouver toutes les informations nécessaires ?
Vous pouvez vous reporter au guide officiel des autorités publiques : Économie.gouv.fr – Tout savoir sur la facturation électronique ou vous simplifier la tâche avec le dossier complet et pratique : Compta Santé – Guide facturation électronique
Suis-je réellement concerné puisque je ne facture pas de TVA ?
Vous êtes concernés par cette réforme puisque vous devez pouvoir recevoir les factures électroniques de vos fournisseurs (E-invoicing) mais aussi transmettre certaines données à l’administration fiscale (E(reporting).
Faut-il changer de logiciel de gestion pour se mettre en conformité ?
Ce n’est pas une obligation. Votre logiciel de gestion doit être compatible avec les échanges dématérialisés via l’une des plateformes agréées.
Peut-on considérer un format PDF comme acceptable pour une facture ?
Non, la facture électronique impose un format structuré pour en faciliter la lecture par l’administration notamment.
Que risque-t-on sans conformité depuis 1er septembre 2026 ?
Le premier risque, c'est de ne plus recevoir certaines factures fournisseurs. La loi de finances 2026 prévoit aussi une amende si vous n'avez pas choisi de plateforme : 500 € après une mise en demeure restée sans effet pendant 3 mois, puis 1 000 € par trimestre. Une première erreur corrigée rapidement n'est pas sanctionnée.
Quel est le rôle de l'expert-comptable avec la nouvelle loi ?
Il vous aide à savoir précisément ce qui vous concerne, choisir une plateforme agréée et la connecter à votre comptabilité. Ensuite, il récupère vos factures automatiquement, contrôle les données et vous alerte en cas d'anomalie. Vous n'avez plus de pièces à lui envoyer.
Quel format de facture est obligatoire en septembre 2026 ?
Trois formats sont reconnus : Factur-X, UBL et CII. Factur-X est le plus simple, car il associe une plateforme agréée lisible et des données lisibles par les logiciels. Vous n'avez pas à le créer vous-même : votre plateforme agréée ou votre logiciel de facturation le génère.
Une question spécifique ? Consultez notre FAQ facture électronique.
