Facturation Électronique : nos réponses à vos questions fréquentes

Votre entreprise est concernée

Vous êtes infirmier libéral, kinésithérapeute, médecin, orthophoniste, dentiste, ostéopathe… et quelqu'un vous a glissé dans l'oreille : "Il faut te mettre à la facturation électronique." Résultat ? Un front plissé, et une petite voix intérieure qui dit "mais j'ai déjà la télétransmission, non ?"

Bonne nouvelle : vous n'êtes pas seul. Et encore meilleure nouvelle : chez Comptasanté, on a compilé toutes les questions que nos clients nous posent sur cette fameuse réforme, pour vous offrir les réponses claires dont vous avez besoin pour vous lancer, faciliter l’envoi et la réception de factures et votre gestion au quotidien.

Alors, installez-vous confortablement et laissez-nous vous expliquer ce qui change vraiment.

1. C'est quoi, la facturation électronique ?

Dans le cadre de la réforme 2026, la facturation électronique (ou e-invoicing dans la langue de Shakespeare) consiste à émettre, transmettre et recevoir des factures sous un format numérique structuré, via des outils reconnus par le fisc (source : impots.gouv.fr, Je découvre la facturation électronique).

Une facture au format électronique n'est pas juste un document numérique de vente ou de dépense : c'est un fichier dont les données sont organisées de façon à pouvoir être lues automatiquement par les logiciels de l'administration.

L'objectif affiché par l'État :

• lutter contre la fraude à la TVA estimée entre 6 et 10 milliards d'euros par an en France (source : impots.gouv.fr, Le manque à gagner de TVA en France) ;

• moderniser les échanges entre entreprises ;

• simplifier la gestion administrative.

En clair : moins de papier, plus de traçabilité et pour vous, à terme, moins de ressaisie et une meilleure visibilité sur vos flux financiers.

2. Suis-je vraiment concerné en tant que professionnel de santé ?

Oui. Mais pas de la même façon que n’importe quelle entreprise privée.

En tant que professionnel libéral de santé, vous êtes considéré comme un assujetti à la TVA même si vous n'en facturez pas, car vous exercez une activité économique.

Concrètement, deux situations existent :

Vous facturez exclusivement des soins exonérés de TVA

• par exemple : des consultations remboursées, des actes de rééducation conventionnés…

• Vous n'avez pas d'obligation d'e-invoicing pour ces actes.

• En revanche, vous devrez être en capacité de recevoir des factures électroniques de vos fournisseurs dès le 1er septembre 2026.

Vous exercez des activités accessoires soumises à TVA

• par exemple : formations, expertises, vente de matériel, conférences, médecine esthétique…

• Ces actes entrent dans le champ complet de la réforme : émission et réception de factures électroniques, ainsi que reporting des données.

Exemple : un médecin généraliste devra avoir choisi une plateforme agréée dès le 1er septembre 2026 pour recevoir les factures de ses fournisseurs d'énergie ou d'accès internet, qui seront tenus d'émettre l'ensemble de leurs factures sous format électronique

3. Quel est le calendrier de la réforme ?

Voici le calendrier officiel (source : impots.gouv.fr, Je découvre la facturation électronique) :

À retenir : dès septembre 2026, vos fournisseurs (expert-comptable, opérateur téléphonique, loueur de matériel médical…) devront gérer l’envoi de leurs factures au format électronique et abandonner le simple mail. Vous devrez donc être équipé pour les recevoir.

4. Un PDF envoyé par mail, c'est bien une facture électronique, non ?

Ah, le grand classique. On vous voit venir.

Non. Un PDF envoyé par mail n'est pas une facture électronique au sens de la réforme. Un PDF est un document statique, lisible par un humain mais pas traitable automatiquement par un système informatique. La réforme impose des formats structurés contenant des données exploitables.

Pour résumer : l'ère du PDF joint à un mail appartient bientôt au passé, du moins pour les transactions entre professionnels assujettis à la TVA en France.

5. Quels formats sont acceptés ?

La réforme reconnaît trois formats officiels (Source : DGFIP, Facturation électronique) :

• Factur-X : format hybride qui combine un PDF visuel lisible par un humain ET un fichier XML structuré intégré. C'est le format le plus accessible pour les TPE et indépendants.

• UBL (Universal Business Language) : XML pur, très répandu en Europe et dans les marchés publics.

• CII (Cross Industry Invoice) : XML issu des standards ISO, plutôt utilisé par les grandes entreprises.

Pour la grande majorité des professionnels libéraux de santé, Factur-X est le format le plus adapté : il reste lisible tout en contenant les données structurées requises.

Bonne nouvelle : les plateformes agréées assurent l'interopérabilité entre les formats et la continuité des flux d’informations. Autrement dit, si votre prestataire émet en UBL et que vous utilisez une plateforme qui travaille en Factur-X, la conversion se fait automatiquement.

6. Qu'est-ce qu'une plateforme agréée (PA / PDP) ?

La plateforme agréée (PA), anciennement appelée plateforme de dématérialisation partenaire (PDP), est un opérateur immatriculé par l'État dont le rôle est de :

• recevoir et transmettre les factures électroniques du fournisseur au client ;

• vérifier leur conformité aux formats réglementaires ;

• transmettre les données utiles aux autorités (e-reporting) ;

• assurer l'archivage sécurisé des documents.

C'est elle qui fait le lien entre votre solution de comptabilité, vos clients, vos fournisseurs et les impôts. Elle joue le rôle d'intermédiaire de confiance dans la chaîne de transmission.

La liste officielle des plateformes agréées immatriculées est publiée et mise à jour par l'administration fiscale.

Note sur la terminologie : vous entendrez encore souvent parler de PDP (plateforme de dématérialisation partenaire), terme anciennement utilisé. Depuis 2025, le terme employé officiellement est plateforme agréée (PA). Le rôle et les obligations sont identiques, seul le nom a changé.

Le Portail Public de Facturation (PPF) conserve quant à lui son rôle d'annuaire des destinataires des factures et de concentrateur des données.

7. Est-ce que je peux choisir ma plateforme librement ?

Oui : le choix de la PDP est libre.

La seule règle : vous devez avoir choisi votre plateforme agréée avant le 1er septembre 2026 et vous inscrire dans l'annuaire de destinataires géré par l'administration, afin que vos fournisseurs puissent vous adresser leurs factures dans les règles.

Chez Comptasanté, nous vous guidons dans ce choix en tenant compte de votre logiciel de comptabilité existant, de votre volume de transactions et de la compatibilité avec notre gestion comptable intégrée.

8. Qu'est-ce que le e-reporting ?

Le e-reporting (ou transmission des données de transaction) est une obligation distincte de la facturation électronique, mais souvent confondue avec elle.

Il s'agit de transmettre à l'administration fiscale des données relatives à certaines opérations qui ne sont pas couvertes par la facturation électronique B2B, notamment :

• les ventes réalisées avec des particuliers (B2C) ;

• les transactions avec des clients à l'étranger ;

• certaines opérations internationales.

Pour les professionnels de santé, le e-reporting peut concerner par exemple :

• les dépassements d'honoraires facturés directement à des particuliers non remboursés ;

• les prestations hors nomenclature.

La plateforme agréée se charge d'extraire et transmettre ces informations à l'administration. La fréquence de transmission dépend de votre régime d'imposition à la TVA.

9. Mon cabinet est en SELARL, SCP ou SCM : suis-je concerné différemment ?

La bonne nouvelle, c'est que la règle est la même pour tout le monde. Que vous exerciez en nom propre (micro-BNC ou BNC), en SELARL, en SCP, en SCM, ou sous toute autre forme juridique, l'obligation repose sur votre assujettissement à la TVA, pas sur votre statut juridique.

Ce qui peut changer :

• Une SEL de grande taille (plus de 250 salariés ou chiffre d'affaires supérieur à 50 millions d'euros) peut être soumise à l'obligation d'émission dès septembre 2026, au même titre que les grandes entreprises et ETI.

• Une SCM qui facture des prestations à ses membres assujettis à la TVA entre dans le champ de la facturation électronique pour ces transactions entre professionnels (B2B).

• Une SCP suit les mêmes règles que les autres structures : obligation de réception en 2026, obligation d'émission en 2027 (si PME ou micro).

Si vous êtes en exercice collectif, la question se pose aussi de savoir quelle plateforme adopter pour l'ensemble des associés. C'est typiquement le genre de sujet où un coup de fil à votre expert-comptable Comptasanté vaut son pesant de consultations.

10. Je suis en micro-BNC : ça change quoi pour moi ?

Rien de plus que pour les autres, rassurez-vous. En tant que professionnel en micro-BNC (ou micro-entreprise), vous entrez dans la catégorie des PME.

Votre calendrier :

• 1er septembre 2026 : vous devrez être en capacité de réceptionner les factures électroniques de vos fournisseurs.

• 1er septembre 2027 : obligation d'émission si vous avez des activités soumises à TVA.

Bon à savoir : les TPE/PME et micro-entreprises peuvent anticiper sur leur date d'émission si elles le souhaitent, en se rapprochant d'une plateforme agréée avant l'échéance.

11. J'ai des remplaçants ou des collaborateurs : comment ça se passe pour eux ?

C'est un cas particulier qui mérite qu'on s'y attarde, et on va être directs.

Le remplaçant (médecin, infirmier, kiné…) qui exerce sous sa propre identité professionnelle est lui-même assujetti. Si sa rétrocession d'honoraires constitue une transaction entre deux professionnels assujettis établis en France, elle entre dans le cadre de la facturation électronique B2B. (Source : impots.gouv.fr, Je découvre la facturation électronique)

En pratique : la rétrocession d'honoraires entre confrères (par exemple entre un titulaire et un remplaçant) est une transaction B2B. La facture correspondante devra être émise via une plateforme agréée dès que l'obligation d'émission s'applique à l'émetteur.

Le collaborateur libéral qui facture ses prestations au cabinet est dans la même logique : si la transaction est B2B entre assujettis établis en France, elle entre dans le dispositif.

Notre conseil Comptasanté : si vous avez régulièrement des remplaçants ou des collaborateurs, organisez en amont la question de la plateforme et des formats utilisés pour les rétrocessions. C'est une des situations où un accompagnement comptable spécialisé santé fait vraiment la différence.

12. Mes patients paient via tiers payant (CPAM, mutuelles) : quelle obligation ?

Voilà une question que beaucoup de soignants se posent, surtout les IDEL, kinés et médecins qui pratiquent le tiers payant généralisé.

La télétransmission des Feuilles de Soins Électroniques (FSE) à la CPAM n'entre pas dans le cadre de la facturation électronique obligatoire de la réforme 2026. Ce sont deux dispositifs distincts.

À noter : cette zone est encore en cours de précisions réglementaires pour certains cas spécifiques. Nous vous conseillons de ne pas attendre pour en discuter avec votre expert-comptable.

13. Quelles sont les mentions obligatoires sur une facture électronique ?

Les mentions obligatoires classiques d'une facture restent les mêmes. Mais la réforme ajoute quatre nouvelles mentions obligatoires à compter du 1er septembre 2026 : (Source : Légifrance)

1. Le numéro SIREN du client

2. La catégorie de l'opération (livraison de biens, prestation de service, ou les deux)

3. L'option de paiement de la TVA sur les débits, le cas échéant

4. L'adresse de livraison des biens, si elle diffère de l'adresse de facturation

Ces informations doivent figurer dans le format utilisé (Factur-X, UBL ou CII) pour permettre leur traitement automatique par l'administration fiscale.

14. Quelles données sont transmises à l'administration fiscale ?

Bonne question, et on sent que certains d'entre vous se demandent si l'administration va avoir accès à tout. La réponse est : non.

L'administration fiscale ne collecte pas toutes les mentions de la facture. Elle récupère uniquement les données utiles à ses missions, notamment pour le pré-remplissage des déclarations de TVA, par exemple :

• l'identification du prestataire;

• du client ;

• le numéro de facture ;

• la date d'émission ;

• le montant de la taxe à payer.

Le recueil des données est progressif : 26 données obligatoires en 2026, puis 34 données dès 2027. (source : impots.gouv.fr, Je découvre la facturation électronique)

C'est la plateforme agréée de l'émetteur qui se charge d'extraire et transmettre ces informations à l'administration. Vous n'avez pas à le faire manuellement.

Important : le secret médical reste absolu. Les plateformes agréées ne doivent pas contenir de données de santé (diagnostic, traitement, pathologie). La facturation ne transmet que des données administratives et financières.

15. Comment vont m'arriver les factures de mes fournisseurs ?

À partir du 1er septembre 2026, les factures de vos fournisseurs (opérateur télécom, fournisseur d'énergie, bailleur assujetti à la TVA, expert-comptable…) vous parviendront sous forme électronique via la plateforme agréée que vous aurez choisie. (Source : impots.gouv.fr)

Vous n'avez pas besoin d'utiliser la même plateforme : les plateformes agréées sont interopérables entre elles. C'est le fournisseur qui transmet via sa propre plateforme, laquelle achemine la facture jusqu'à la vôtre.

Vous serez inscrit dans l'annuaire des destinataires de factures géré par l'administration (via le Portail Public de Facturation), ce qui permet à n'importe quel partenaire de retrouver votre plateforme et de vous adresser ses factures correctement.

L'avantage concret ? Plus de factures perdues dans votre boîte mail, un archivage sécurisé et automatique, et une intégration directe dans votre comptabilité Comptasanté.

16. Quelles sanctions si je ne suis pas en conformité ?

On ne va pas vous mentir : il y a des amendes prévues.

• Amende de 15 € par facture non émise au format électronique, plafonnée à 15 000 € par année civile. La première infraction n'est toutefois pas sanctionnée : vous avez le droit à l’erreur !

• Amende de 500 € si vous n'avez pas choisi de plateforme trois mois après la mise en demeure de l'administration fiscale. Cette amende monte à 1 000 € après chaque nouvelle période de trois mois sans régularisation.

17. Comment Comptasanté m'accompagne dans tout ça ?

Chez Comptasanté, cabinet d'expert-comptable en ligne spécialisé pour les professionnels de santé libéraux, on a une conviction : la dématérialisation est une opportunité, pas une contrainte ; à condition d'être bien accompagné.

Voici ce qu'on fait concrètement pour vous :

Avant la réforme :

• analyse de votre situation (statut juridique, régime fiscal, nature de vos activités) ;

• recommandation d'une plateforme agréée adaptée à vos besoins et à votre fonctionnement ;

• vérification que vos outils de facturation sont compatibles.

À la transition :

• paramétrage et connexion de votre plateforme avec notre système comptable ;

• archivage automatique et sécurisé de vos factures ;

• intégration directe dans votre comptabilité pour réduire les ressaisies.

Au quotidien :

• gestion automatisée de vos factures fournisseurs ;

• transmission conforme des données à l'administration ;

• suivi de vos flux financiers en temps réel ;

• un comptable référent joignable pour toutes vos questions.

Et bien sûr, comme toujours chez nous : vous soignez, on s'occupe du reste.

En résumé : ce que vous devez retenir

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